L’allergie au soja est une réponse du système immunitaire au soja. Au moins 16 protéines de soja ont été identifiées comme allergènes mais leur significativité clinique est inconnue.

Environ 0,5% de la population présente une allergie au soja, elle est plus fréquente chez le nourrisson: l’âge de survenue est en moyenne de 3 mois mais la majorité des nourrissons en guérissent vers 2 ans. Les allergies au soja chez l’adulte sont rares.
Les symptômes ou signes retrouvés dans l’allergie au soja sont: l’acné, l’angio-œdème, la rhinite, l’anaphylaxie, l’asthme, la dermatite atopique, le bronchospasme, la colite, la conjonctivite, la diarrhée, la dyspnée, l’eczéma, l’entérocolite, la fièvre, l’hypotension, le prurit, l’œdème laryngé, la fatigue, l’urticaire, les vomissements et les sifflements respiratoires.

Si l’allergie au soja est suspectée, le soja doit être supprimé de l’alimentation pour voir si les symptômes s’améliorent. Les intolérances alimentaires peuvent survenir jusqu’à 48 heures après la prise des aliments en cause. La façon dont le soja a été préparé peut en modifier l’allergénicité et beaucoup de personnes allergiques au soja peuvent aussi faire des réactions croisées à d’autres aliments, en particulier les légumes comme les pois, les cacahuètes, les lentilles et les haricots.    

Le soja est utilisé depuis longtemps dans les allergies au lait de vache des nourrissons. Cependant, jusqu’à 50% des enfants souffrant d’allergies au lait de vache sont aussi allergiques aux protéines de soja.