L’allergie alimentaire est une réaction clinique indésirable liée à une réponse immunologique vis-à-vis d’un allergène alimentaire.   
L’intolérance alimentaire est une réaction indésirable reproductible consécutive à la prise d’un aliment ou de l’un de ses constituants, protéines, glucides, lipides et additifs.
De telles réactions peuvent être d’origine métabolique, ou dues à des déficits enzymatiques etc. 

Chez plus de 50% des enfants présentant une allergie alimentaire, les réactions indésirables sont dues à plus d’un aliment. Les enfants allergiques à plusieurs protéines alimentaires communes (lait de vache, œufs ou arachide) sont dits "oligo-allergiques".
Les enfants avec une intolérance aux protéines alimentaires multiple sont à distinguer des "oligo-allergiques" à cause de leur intolérance au soja et aux hydrolysats poussés, en plus de bien d’autres aliments. Ces nourrissons sont souvent issus de familles aux antécédents atopiques.

L’intolérance aux protéines alimentaires multiple peut aussi concerner les nourrissons allaités au sein. La plupart des nourrissons atteints d’intolérance alimentaire multiple supportent mieux les aliments à faible allergénicité comme les graines, légumes, fruits et viandes à l’âge de 2 ans.

Un diagnostic précoce, une symptomatologie digestive prédominante, l’absence d’autres allergies alimentaires associés sont des critères de meilleur pronostic.

Ainsi pour les nourrissons diagnostiqués tardivement, les régimes d’éviction sont souvent nécessaires jusqu’à l’âge de 3 ans.

Les nourrissons souffrant d’intolérance alimentaire multiple ont des problèmes nutritionnels complexes qui doivent être distingués des hypersensibilités communes aux protéines de lait de vache, œufs ou arachide.

Le médecin assurera, dans œ cas, une prescription adaptée.